由公司代扣代繳的稅包括以下：個人所得稅中，個人所得稅以支付所得的單位或者個人為扣繳義務人。增值稅中，境外的單位或個人在境內銷售應稅勞務而在境內未設有經營機構的，其應納稅款以代理人為扣繳義務人；沒有代理人的，以購買者為扣繳義務人。營業稅中，委托金融機構發放貸款，以受托發放貸款的金融機構為扣繳義務人。建筑安裝業務實行分包或者轉包的，以總承包人為扣繳義務人。城市維護建設稅中，增值稅、消費稅、營業稅的代扣代繳、代收代繳義務人同時也是城市維護建設稅的代扣代繳、代收代繳義務人。資源稅中，收購未稅礦產品的單位為資源稅的扣繳義務人。　　消費稅中，委托加工的應稅消費品，由受托方在向委托方交貨時代收代繳稅款。　印花稅中，運費結算付方應繳納的印花稅，應由運費結算收方或其代理方實行代扣匯總繳納。運費結算憑證由交通運輸管理機關或其指定的單位填開或審核的，當地稅務機關應委托憑證填開或審核單位，對運費結算雙方應繳納的印花稅，實行代扣匯總繳納。股份制試點企業向社會公開發行的股票，因購買、繼承、贈與所書立的股權轉讓書據，辦理股權交割手續的單位負有監督納稅人依法納稅的責任，并代征代繳印花稅稅款。

企業為職工代扣代繳個人所得稅有兩種情況：第一，職工自己承擔個人所得稅，企業只負有扣繳義務；第二，企業既承擔稅款，又負有扣繳義務。

個人所得稅的應稅項目包括以下11項：1.工資、薪金所得；2.個體工商戶的生產、經營所得；3.對企事業單位的承包經營、承租經營所得；4.勞務報酬所得；5.稿酬所得；6.特許權使用費所得；7.利息、股息、紅利所得；8.財產租賃所得；9.財產轉讓所得；10.偶然所得；11.經國務院財政部門確定征稅的其他所得工資總額中的下列項目不征個人所得稅：

1. 獨生子女補貼；

2.執行公務員工資制度未納入基本工資總額的補貼、津貼差額和家屬成員的副食品補貼；3.托兒補助費；4.差旅費津貼、誤餐補助。

代扣代繳增值稅和代扣代繳企業所得稅，憑證分錄為：

借：其他應收款--代扣代繳稅金 (憑證附稅收通用繳款書和代扣代繳稅款憑證復印件，原件交對方作為收回款項的依據)；

貸：銀行存款。

從支付的管理費用中扣除代扣代繳增值稅和代扣代繳企業所得稅，憑證分錄為：

借：管理費用等科目；

貸：其他應收款--代扣代繳稅金；

銀行存款。

所得稅和增值稅均需要代扣代繳。

《企業所得稅法》

第三十七條 對非居民企業取得本法第三條第三款規定的所得應繳納的所得稅，實行源泉扣繳，以支付人為扣繳義務人。稅款由扣繳義務人在每次支付或者到期應支付時，從支付或者到期應支付的款項中扣繳。

《財政部、國家稅務總局關于全面推開營業稅改征增值稅試點的通知》（財稅〔2016〕36號）

第六條 中華人民共和國境外（以下稱境外）單位或者個人在境內發生應稅行為，在境內未設有經營機構的，以購買方為增值稅扣繳義務人；

一、申請手續費返還的稅款范圍

可申請手續費返還的“三代”范圍包括：代扣代繳、代收代繳和委托代征。由于經常發生代扣代繳職工工資個人所得稅行為，因此企業較熟悉申請返還代扣代繳個人所得稅手續費。事實上，在企業所得稅、營業稅（營改增前）、增值稅等納稅范圍中，只要企業屬于法定的扣繳義務人，履行了代扣代繳、代收代繳稅款義務之后，都可以按照規定申請手續費返還。

二、申請手續費返還時的一些特殊情況

1、個人合伙企業為投資者申報個人投資者生產經營所得的個人所得稅，不能申請手續費返還

根據《個人代繳代扣條例》的規定，第四條 扣繳義務人向個人支付下列所得，應代扣代繳個人所得稅：

（一）工資、薪金所得；

（二）對企事業單位的承包經營、承租經營所得；

（三）勞務報酬所得；

（四）稿酬所得；

（五）特許權使用費所得；

（六）利息、股息、紅利所得；

（七）財產租賃所得；

（八）財產轉讓所得；

（九）偶然所得；

（十）經國務院財政部門確定征稅的其他所得。

因此，個人合伙企業個人投資者按照 “個體工商戶生產、經營所得”繳納的個人所得稅不屬于代扣代繳的范疇，不得申請手續費返還。

2、被稅務機關查出，扣繳義務人補代扣代繳的個人所得稅稅款不能申請扣繳手續費返還。

3、代扣代繳城市建設維護稅、教育費附加不可以申請手續費返還

城市建設維護稅仍屬于稅，在申請范圍之內，而教育費附加不屬于稅，不在范圍之內。