首先，公司沒有組織專項培訓(xùn)，就約定違約金的，是違反勞動合同法的，因此，協(xié)議部分無效。

其次，公司拖欠工資的情況下，勞動者應(yīng)該反映到勞動局解決。

1.公司這么做是為了在發(fā)生勞動爭議的時候少支付加班工資或者補償金等。勞動者的實際工資比勞動合同的工資高，勞動者務(wù)必要保存實際工資水平的證據(jù)，尤其是現(xiàn)金支付工資，務(wù)必保存好工資單。如果有勞動爭議，公司往往會按勞動合同主張工資標(biāo)準(zhǔn)。如果勞動者不能證明實際工資水平的，仲裁委會按勞動合同確定工資標(biāo)準(zhǔn)，這樣加班工資，補償金等都會變少。

2.公司應(yīng)當(dāng)按照實際工資繳納社保，如果按勞動合同上的工資繳納社保，就少繳了，可以去社保局投訴，社保局可以責(zé)令公司補繳社保。公司少繳社保，勞動者可以單方解除勞動合同并要求支付經(jīng)濟補償金。

3.《社會保險法》第八十六條　用人單位未按時足額繳納社會保險費的，由社會保險費征收機構(gòu)責(zé)令限期繳納或者補足，并自欠繳之日起，按日加收萬分之五的滯納金；逾期仍不繳納的，由有關(guān)行政部門處欠繳數(shù)額一倍以上三倍以下的罰款。

《勞動合同法》

第三十八條　用人單位有下列情形之一的，勞動者可以解除勞動合同：

（一）未按照勞動合同約定提供勞動保護或者勞動條件的；

（二）未及時足額支付勞動報酬的；

（三）未依法為勞動者繳納社會保險費的；

（四）用人單位的規(guī)章制度違反法律、法規(guī)的規(guī)定，損害勞動者權(quán)益的；

（五）因本法第二十六條第一款規(guī)定的情形致使勞動合同無效的；

（六）法律、行政法規(guī)規(guī)定勞動者可以解除勞動合同的其他情形。

第四十七條 經(jīng)濟補償按勞動者在本單位工作的年限，每滿一年支付一個月工資的標(biāo)準(zhǔn)向勞動者支付。六個月以上不滿一年的，按一年計算；不滿六個月的，向勞動者支付半個月工資的經(jīng)濟補償。

根據(jù)《勞動合同法》相關(guān)規(guī)定，勞動者入職一個月之內(nèi)要簽訂書面勞動合同，如不簽訂視為事實勞動關(guān)系。從次月起公司要支付你雙倍工資，但你要搜集相關(guān)證據(jù)證明事實勞動關(guān)系。證據(jù)有如下幾種：入職登記表，考勤記錄，工牌，工資條等……

勞動合同補充協(xié)議與薪資調(diào)整沒有必然聯(lián)系。勞動合同補充協(xié)議，是對勞動合同內(nèi)容的完善，與調(diào)整薪資沒有必然聯(lián)系。當(dāng)然，也可能涉及調(diào)整薪資的內(nèi)容，但也可能是補充工作地點，或者培訓(xùn)協(xié)議、保密和競業(yè)限制等等。勞動合同補充協(xié)議，應(yīng)當(dāng)經(jīng)雙方協(xié)商一致，并在補充協(xié)議文本上簽字或者蓋章，并有雙方各執(zhí)一份。《勞動合同法》第十六條　勞動合同由用人單位與勞動者協(xié)商一致，并經(jīng)用人單位與勞動者在勞動合同文本上簽字或者蓋章生效。勞動合同文本由用人單位和勞動者各執(zhí)一份。第三十五條　用人單位與勞動者協(xié)商一致，可以變更勞動合同約定的內(nèi)容。變更勞動合同，應(yīng)當(dāng)采用書面形式。變更后的勞動合同文本由用人單位和勞動者各執(zhí)一份。