這兩個問題既有聯系又有區別。

先說區別。

批捕在逃，是指犯罪嫌疑人已經被檢察機關決定或者批準逮捕，但是尚未歸案。另案處理，是指有關聯的兩個人或者更多的人，本來應該并案一起處理，因為各種原因，將其中某個人或者某些人另外處理。

在公安機關的移送起訴意見書、檢察機關的起訴書、人民法院的判決書中經常會看到這兩個詞語。

再說聯系。

另案處理的原因，大多是同案人批捕在逃。如，三個人合伙搶劫，公安機關巳經抓住了兩個人，同時向檢察機關提請批準逮捕三名犯罪嫌疑人，檢察機關也已經決定批準逮捕。但是，其中一個人遲遲未能歸案。司法機關辦案、羈押犯罪嫌疑人又有法定的期限，不能夠超過期限，不能非要把同案人都抓齊了才結案。只能就已經查明的犯罪事實，分別作出移送審查起訴、提起公訴、依法判決的決定。在司法機關的有關法律文書中，提到尚未歸案的犯罪嫌疑人時，就要注明另案處理。

另案處理不是不處理。等到哪天犯罪嫌疑人歸案時，司法機關還要按照法律規定的程序依法處理。

在共同犯罪案件中，部分犯罪嫌疑人的犯罪事實已經偵查完畢，可先行處理，而對未偵查終結的犯罪嫌疑人可作“另案處理”。

你朋友已經做了另案處理，只是說他與該案暫時無關，如果同案犯被抓捕供述的情況，與此前你朋友交代及公安機關掌握的不一致時，肯定是有關系的。

《最高人民法院、最高人民檢察院、公安部關于如何處理有同案犯在逃的共同犯罪案件的通知》對于共同犯罪案件中同案犯在逃時對歸案人員如何處理作出了規定，具體為：“同案犯在逃，對在押犯的犯罪事實已查清并有確實、充分證據的，應按照刑事訴訟法規定的訴訟程序，該起訴的起訴，該定罪判刑的定罪判刑。”

依據上述法律規定，從程序上講，共同犯罪案件中即使有同案不歸案，那么也可以對歸案的犯罪嫌疑人定罪處罰。那么同案犯在逃的情況下對歸案被告人審理時是否會有影響呢？如果嚴格遵循證據裁判的原則，結論是不會的，因為無論是什么樣的情形，判決有罪對證據的要求都必須達到確實充分、排除合理懷疑的標準，在這種情況下，從證據角度上看，沒有歸案的同案可能導致的結果只是喪失同案供述，但是如果其他證據對于歸案被告人定罪的事實都足以證明，那么當然可以對其作出有罪的判決。

但是，必須指出的是，同案不歸案往往對于定罪不會產生爭議，但是對于如何量刑確實會產生一定的影響。因為共同犯罪在量刑時要考慮各個被告人在犯罪中處的地位和作用，也就是說主犯和從犯量刑肯定是要有所區別的。那么就會出現一個問題，在沒有同案犯供述的情況下，如何認定歸案被告人的在犯罪中的主從地位。尤其對于一些可能判處死刑的案件，往往只會對主犯判處死刑，對從犯確可以刀下留人。我個人認為對于這個問題，解決之道還是得嚴格依據證據裁判的原則，就是如果結合現有證據，對于被告人不利的量刑事實的證據如果無法達到確實、充分的證明標準，那么就必須做到存疑有利于被告人的裁判原則。例如，在喪失同案犯供述的情況下，認定被告人是主犯的證據存疑，那么在量刑過程中，就必須對其作出有保留的從輕判決。

　刑事案件中的另案處理是由公安定。　　根據《最高人民檢察院、公安部關于規范刑事案件“另案處理”適用的指導意見》：　　第三條 涉案的部分犯罪嫌疑人有下列情形之一的，可以適用“另案處理”：　　（一）依法需要移送管轄處理的；　　（二）系未成年人需要分案辦理的；　　（三）在同案犯罪嫌疑人被提請批準逮捕或者移送審查起訴　　時在逃，無法到案的；　　（四）涉嫌其他犯罪，需要進一步偵查，不宜與同案犯罪嫌疑人一并提請批準逮捕或者移送審查起訴，或者其他犯罪更為嚴重，另案處理更為適宜的；　　（五）涉嫌犯罪的現有證據暫不符合提請批準逮捕或者移送審查起訴標準，需要繼續偵查，而同案犯罪嫌疑人符合提請批準逮捕或者移送審查起訴標準的；　　（六）其他適用“另案處理”更為適宜的情形。　　第四條 對于下列情形，不適用“另案處理”，但公安機關應當在提請批準逮捕書、起訴意見書中注明處理結果，并將有關法律文書復印件及相關說明材料隨案移送人民檢察院：　　（一）現有證據表明行為人在本案中的行為不構成犯罪或者情節顯著輕微、危害不大，依法不應當或者不需要追究刑事責任，擬作或者已經作出行政處罰、終止偵查或者其他處理的；　　（二）行為人在本案中所涉犯罪行為，之前已被司法機關依法作不起訴決定、刑事判決等處理并生效的。　　第五條 公安機關辦案部門在辦理刑事案件時，發現其中部分犯罪嫌疑人符合本意見第三條規定的情形之一，擬作“另案處理”的，應當提出書面意見并附下列證明材料，經審核后報縣級以上公安機關負責人審批：　　（一）依法需要移送管轄的，提供移送管轄通知書、指定管轄決定書等材料；　　（二）系未成年人需要分案處理的，提供未成年人戶籍證明、立案決定書、提請批準逮捕書、起訴意見書等材料；　　（三）犯罪嫌疑人在逃的，提供拘留證、上網追逃信息等材料；　　（四）犯罪嫌疑人涉嫌其他犯罪，需要進一步偵查的，提供立案決定書等材料；　　(五)涉嫌犯罪的現有證據暫不符合提請批準逮捕或者移送審查起訴標準，需要繼續偵查的，提供相應說明材料；　　（六）因其他原因暫不能提請批準逮捕或者移送審查起訴的，提供相應說明材料。　　第六條 公安機關對適用“另案處理”案件進行審核時，應當重點審核以下內容：　　（一）是否符合適用“另案處理”條件；　　（二）適用“另案處理”的相關證明材料是否齊全；　　（三）對本意見第三條第三項、第五項規定的情形適用“另案處理”的，是否及時開展相關工作。　　對于審核中發現的問題，辦案部門應當及時糾正。