感謝邀請！我的觀點是:以協議為依據，堅決維護自己的權益。

其一，題主和開發商簽訂的認購協議是什么性質的呢？題目中也說了，當時開發商并沒有辦到預售證等法定證件，所以可以說當時是雙方的內部操作，嚴格來說是違反法律規定的。

其二，從以往的案例來看，雖然當時簽訂的認購協議不符合法律規定，但是只要之后開發商取得了合法證件，雙方簽訂的認購協議規定得又比較詳細，法院就會傾向于認可雙方協議的效力。一般會判決雙方履行合同。

其三，至于之后發生的爭議，一個要看當時題主沒有收到掛號信的原因應該歸于誰，到底是開發商的過錯，還是題主自己留的地址有問題等過錯。然后根據協議上約定的違約條款來向開發商主張權利。

其實不僅僅是開發商覺得購房合同有問題這么簡單，合同有問題，開發商要改，另外就是購房合同原本購買者就應當有一份拿在手上，辦理網簽合同等同于將雙方的權利義務固定住。哪怕在以后的因購房事宜發生糾紛，也以購房合同為準，當然后期雙方之間再簽訂補充協議之類則另算，建議買方去了解該樓盤的具體情況，按照法律規定，開發商是沒有理由回收你的購房合同的。

在原則上開發商這種做法不應該，商品房買賣合同時買賣事實的法律依據。在簽訂網簽合同時，開發商應存檔多方合同以備辦理產權等用。

當然不能給開發商，這是你唯一的購房依據。