這樣是違法的，加班工資的應當以勞動者正常工作時間工資作為基數。勞動法第四十四條　有下列情形之一的，用人單位應當按照下列標準支付高于勞動者正常工作時間工資的工資報酬：　　（一）安排勞動者延長工作時間的，支付不低于工資的百分之一百五十的工資報酬；　?。ǘ┬菹⑷瞻才艅趧诱吖ぷ饔植荒馨才叛a休的，支付不低于工資的百分之二百的工資報酬；　?。ㄈ┓ǘㄐ菁偃瞻才艅趧诱吖ぷ鞯模Ц恫坏陀诠べY的百分之三百的工資報酬。

加班是要給付加班費的，國家規定加班費標準如下： 在法定節假日期間，用人單位安排勞動者工作的，應支付不低于勞動者工資的300%的工資報酬，并不得以調休、補休替代。

在休息日期間，安排勞動者工作又不能安排調休或補休的，應支付不低于勞動者工資的200%的工資報酬。如果單位未向員工明確調休或補休時間，員工皆有權要求兩倍工資報酬。在工作時延長勞動時間的，應支付不低于勞動者工資的150%的工資報酬。用人單位要求員工加班不支付加班費是違法的。依據我國勞動與社會保障部2000年3月17日頒發的《關于職工全年月平均工作時間和工資折算問題的通知》：“職工全年月平均工作天數和工作時間分別調整為20.92天和167.4小時。”因此，實行綜合計算工作時間的，如果月平均工作天數超過20.92天，或者月平均工作時間超過167.4小時的，應該視為加點，按照《勞動法》第四十四條第一款支付加班費，即加班費不低于150%的工資。

上海解除合同，公司按2480元賠付合法嗎？本人工資6000元。2480元是目前上海市的職工最低工資標準，按照這個標準來支付解除勞動合同的補償金顯然是不合法的。

對于是否支付經濟補償金或是賠償金，勞動合同法有比較明確的規定。如果屬于公司主動提出解除勞動者到期的勞動合同，或是在勞動合同履行過程中解除勞動合同，并與勞動者協商一致的，用人單位可以解除勞動合同。對于用人單位單方面解除勞動者勞動合同的，除了勞動合同法第三十九條件規定的六種情形以外，都應當支付經濟補償；如果用人違反勞動合同法解除勞動合同的，還應該按照勞動合同法第八十七的規定給你經濟賠償，經濟賠償的標準是經濟補償標準的2倍。

那么對于用人單位解除勞動合同經濟補償的標準是怎么計算的呢？按照勞動合法第四十七條的規定，勞動者在用人單位工作一年，補償勞動者一個月的標準工資。標準工資為本人離職前12個月的平均工資。你的月薪是每月6000元，如果離職前12個月平均每月都是6000元，那么補償標準就是在用人單位工作一年補償6000元，如果在用人單位工作了10年，就要補償60000元。而現在用人單位每月給你發的2480元，是屬于上海市公布的最低職工工資標準，而不是你本人離職前本人12個月的平均工資標準，這和你本人每月6000元的月工資差距是非常大的，顯然是違反勞動合同法第四十七條的規定的。2018年上海市的職工月平均工資標準為6504元，也就是說你的月薪實際上是低于上海市的職工平均工資標準的，所以在領取月數上是不存在最高領取12個月的規定的，哪怕在公司工作20年，公司也要支付你20個月的本人工資標準。

如果在公司解除你的勞動合同時勞動合同期限還沒有滿，或者沒有和你協商一致，也沒有提前三十天通知你解除勞動合同，那這就是屬于違反勞動合同法解除勞動合同的情形，按照勞動合同法第八十七條的規定，就應該給予經濟賠償而不是經濟補償，經濟賠償的標準應該是經濟補償標準的2倍，每月的月薪是6000元，那么你在公司工作一年，就要賠償你12000元，如果在公司工作了10年就要賠償你12萬元。

當然一般的公司很難協商，但這是法律條文明確規定的，不是由公司說多少就是多少，但是在具體實踐操作過程中，公司也不完全按照法律條文辦理，可以和勞動者協商處理補償辦法或是賠償辦法，在協商過程中有一個討價還價的過程，如果雙方都能接受并在補償或是賠償協議上簽字確認，那事情就比較好辦，但是如果雙方都不同意，只能通過法律途徑來解決，目前解決勞資糾紛的途徑基本上都是以勞動仲裁為主，對于勞動仲裁結果不服的還可以提起人民法院審理。

綜上所述，你在上海工作，公司解除勞動合同是按照每月2480元的標準來補償，這是上海市的最低工資標準，肯定是不符合勞動合同法第四十七條的規定，應該按照的離職前12個月的工資標準，即每月6000元的來補償才是合法的，如果屬于違反勞動合同規定解除勞動合同的，還應該個月2倍的經濟賠償，賠償標準為經濟補償金標準的2倍。

首先，加班問題是看公司是否為你安排倒班，如果并沒有安排休息去補加班的工作時間，根據我國法律規定，需要支付加班費用。公司不給與加班費可以申請勞動仲裁。

其次，請假扣除工資屬于應該公司的管理規定，就實際情況而言，個人認為申請勞動仲裁意義不大，當然給看具體情況。