應該無效。現在農村不存在農民私有的土地，當時原人民政府頒發的土地證也自然失去了效力。但是，如果土地改革中由人民政府頒發土地證的宅基地，至今未因法定的原因發生土地權屬的變化，現仍為原農民居住的，該土地證可以作為宅基地的有效權屬憑證。

謝謝邀請，此問題說的是有宅基地使用證，而國土部門沒有登記檔案，土地證如果是真實的，可以肯定的說，有效。

第一，我們先介紹一下相關概念，宅基地使用證是不動產登記機構對不動產情況進行審查、登記后，頒發給不動產權利人用于證明其享有不動產權利的證書，是農民合法使用農村宅基地的有效憑證，由本地政府頒發，受法律保護，現在稱為宅基地不動產權證，由權利人持有，不動產權證作為享有不動產物權的證明，發生權屬爭議時，一般可以依據不動產權證書來解決紛爭，確認權利。土地檔案也稱《不動產登記簿》，是不動產統一登記的核心依據，由登記機構管理，按照《不動產登記暫行條例》的規定，《不動產登記簿》記載不動產的坐落、界址、空間界限、面積、用途等自然狀況;不動產權利的主體、類型、內容、來源、期限、權利變化等權屬狀況;以及涉及不動產權利限制、提示的事項等。

第二、證書與檔案的關系，不動產權證書記載的事項，應當與不動產登記簿一致，記載不一致的，除有證據證明不動產登記簿確有錯誤外，以不動產登記簿為準，二者為主副冊的關系。如果不動產證丟失，可以查詢不動產登記檔案，申請補發。如果有證而沒有檔案，一般有幾種原因，一種是不動產管理機構將檔案丟失，宅基地發證時間比較早，保管機關搬家、相關人員借閱等，轉移檔案過程中丟失；一種是宅基地的土地登記機關沿革復雜，鄉鎮政府、縣市政府、農業、發改、土地等部門發過土地證，檔案交接過程也會發生檔案丟失問題；一種是發生洪水等意外，導致檔案丟失；一種是特殊原因，只發證了，沒有形成檔案。

第三、出現僅有土地證而沒有檔案的情況時，當事人應向登記部門進行說明，提交相關證據，包擴書證、鄰居證言、辦理工作人員證言，繳費憑證等，登記機關經核實屬實的話，會依職權補建檔案的，并為當事人換發新的不動產證。這一點是毋庸置疑的，不用擔心。

要走遺失補證程序。先到不動產登記中心檔案室或國土局檔案室調取檔案，把當時做證的資料復印好，蓋上檔案核對章。然后帶上房產證、身份證、結婚證這些到不動產登記中心辦理遺失補證。不用登報申明，現在一般都是網上公告，大概需要公告15個工作日，一般一個月左右就可以領證了。不過做出來是不動產權證書，房產證和土地證的合體。

沒有檔案也不能說明這個土地證就是假的。在依法撤銷這個土地證之前，這個土地證是合法有效的。