首先，以和為貴，能夠和對方協商解決問題的情況下，盡量協商解決。這樣不會影響到公司的生意，也不會影響到雙方的關系；

協商不成的，按照雙間簽署的合作協議等合同的約定及公司章程的規定來處理雙方間的爭議。如果沒有該等合同及章程的話，可以提請人民法院審理，但你要有明確的訴訟請求以及相應的證據材料。至于需要什么樣的證據材料需要根據不同的訴訟請求確定。

就個人經驗來看，很多時候，合伙人之間產生分歧會導致一家創業公司分崩離析，所有成果化為烏有。所以還請妥善，謹慎處理還等爭議。最好在合作前能夠經充分協商，簽署書面的合作協議。

最高人民法院關于適用《民事訴訟法》若干問題的意見第17條明確規定：對沒有辦事機構的公民合伙、合伙型聯營體提起的訴訟，由被告注冊登記地人民法院管轄。沒有注冊登記，幾個被告又不在同一轄區的，被告住所地的人民法院都有管轄權。就是說，就現有生效的規定看，合伙合同糾紛案件存在兩種管轄，即合同注冊地和被告住所地法院管轄。沒有合伙合同履行地法院管轄的規定。同時，所謂合同履行地，是指合同規定履行義務和接受該義務的地點，主要是指合同標的物的交接地點。而在合伙合同在，合伙人是一個整體，就合伙合同而言，權利和義務是一個主體，不存在相互之間的標的物交付和接收的權利義務關系

一、合伙協議糾紛案件怎么處理

　　合伙協議糾紛案件處理具體如下：

　　正確地把握處理合伙協議糾紛的幾個基本原則

　　1、掌握合伙的最本質特征。

　　個人合伙是指兩個以上公民按照協議，各自提供資金、實物、技術等合伙經營、共同勞動。并要求合伙人對出資數額、盈余分配、債務承擔、入伙、退伙、合伙終止等事項，訂立書面協議。合伙的債務，由合伙人按照出資比例或者協議的約定，以各自的財產承擔清償責任。

　　2、合伙協議不允許約定一部分人只享受利益，不承擔風險。

　　《合伙法》第三十三條規定，“合伙企業的利潤和虧損，由全體合伙人依照合伙協議約定的比例分配和分擔；合伙協議末約定利潤分配和虧損分擔比例的，由各合伙人平均分配和分擔。合伙協議不得約定將全部利潤分配給部分合伙人或者由部分合伙人承擔全部虧損。”

　　3、合伙人退伙，必須經過全體合伙人同意，如果不經同意，因退伙給合伙人造成損失的要賠償。

　　4、全體合伙人對合伙的外部債務承擔連帶責任。

　　也就是說合伙對外有債務時，以合伙財產承擔，合伙財產不足以清償債務時，全體合伙人以自己個人財產承擔責任。

　　5、合伙投入合伙的財產和合伙積累的財產歸全體合伙人共有，共同管理，共同經營。

　　6、合伙的經營活動由全體合伙人共同決定，合伙人有執行和監督的權利。

　　7、合伙人散伙時在清理完各種稅款后，清理對外債務，仍有剩余時，退還各自投資，還有財產時分取利潤。

尊重法律，法院駁回表示雙方訴求不符合法律規定，雙方只能協商解決。