盜竊三萬元車輛被認定作案工具被扣，法院應當按照規定判決。《刑法》第六十四條規定：犯罪分子違法所得的一切財物，應當予以追繳或者責令退賠；對被害人的合法財產，應當及時返還；違禁品和供犯罪所用的本人財物，應當予以沒收。沒收的財物和罰金，一律上繳國庫，不得挪用和自行處理。

如果車子被認定為作案工具，持有車子財產的所有人，都要為犯罪車子負有責任，只不過是輕重罷了,車輛登記在丈夫名下，基本就屬于丈夫的個人財產，除非妻子提出離婚，法院并案處理，否則無法認定為夫妻共同財產，所以車輛被認定為作案工具，被沒收的結果，無法改變。

一個是依法扣押，如果是和案件有關的，比如說作案工具類似的情況，按照刑訴法的有關規定公安機關是有權扣押的，因為作案工具是要作為一個證據隨案走的。

關于處理，有幾種情況，一個是案件了解了，隨案移交，比如這個案子作為涉案工具移交了，要隨案到檢察院、法院，最后對車輛做一個明確的規定，是拍賣還是發還，還是怎么處理，由法院作出規定。

1 根據《刑事訴訟法》的規定：如果作為作案用嫌疑車輛扣押，如果與案件無關，那么在3日之內返還；如果屬于作案工具等，車輛隨案件走程序，最終由法院判決處理。

2 扣押車輛的情況規定；依法扣押，如果是和案件有關的，比如說作案工具類似的情況，按照刑訴法的有關規定公安機關是有權扣押的，因為作案工具是要作為一個證據隨案走的。

3 車輛處理的情況； 隨案移交，比如這個案子作為涉案工具移交了，要隨案到檢察院、法院，最后對車輛做一個明確的規定，是拍賣還是發還，還是怎么處理，由法院作出規定。 如案情不是特別嚴重，公安機關在查扣以后發現與案件的關系不大，當時查的時候對這個問題判明不是很準確，后來認為車輛和案件無關就要及時發還，不能尋找各種理由強行扣押、長時間扣押，更不允許對涉案車輛保管不善，造成損失，民警未經同意私自使用車輛，都不允許。

　　作為作案工具使用的汽車應當認定為作案工具，認定為作案工具的汽車應當依法沒收。　　作案工具是指犯罪人員進行犯罪行為時所用的一切物品，包括各種武器或工具。作為作案工具使用的汽車，應當根據《刑法》第六十四條規定，予以沒收，并上繳國庫。　　例如：犯罪嫌疑人盜竊工地鋼筋時，用來運輸鋼筋的汽車就應認定為作案工具，法院判決時，應當對該汽車予以沒收。　　《刑法》：　　第六十四條 犯罪分子違法所得的一切財物，應當予以追繳或者責令退賠；對被害人的合法財產，應當及時返還；違禁品和供犯罪所用的本人財物，應當予以沒收。沒收的財物和罰金，一律上繳國庫，不得挪用和自行處理。

《刑法》第二百二十五條【非法經營罪】違反國家規定，有下列非法經營行為之一，擾亂市場秩序，情節嚴重的，處五年以下有期徒刑或者拘役，并處或者單處違法所得一倍以上五倍以下罰金；情節特別嚴重的，處五年以上有期徒刑，并處違法所得一倍以上五倍以下罰金或者沒收財產：(一)未經許可經營法律、行政法規規定的專營、專賣物品或者其他限制買賣的物品的；(二)買賣進出口許可證、進出口原產地證明以及其他法律、行政法規規定的經營許可證或者批準文件的；(三)未經國家有關主管部門批準非法經營證券、期貨、保險業務的，或者非法從事資金支付結算業務的；(四)其他嚴重擾亂市場秩序的非法經營行為。

盜竊中使用的車輛是否作為作案工具沒收是存在一定爭議的，實踐中一般認為如果是專門用于盜竊的車輛，應當認定為作案工具予以沒收，而主要用作其他使用如日常生活中代步工具，偶爾盜竊中使用的，不認為是作案工具，應當予以返還。

　　如果法院判決已經將車輛定性為作案工具，是要沒收的。　　《刑事訴訟法》 　　第二百八十二條 人民法院經審理，對經查證屬于違法所得及其他涉案財產，除依法返還被害人的以外，應當裁定予以沒收；對不屬于應當追繳的財產的，應當裁定駁回申請，解除查封、扣押、凍結措施。　　對于人民法院依照前款規定作出的裁定，犯罪嫌疑人、被告人的近親屬和其他利害關系人或者人民檢察院可以提出上訴、抗訴。