老周在這可以很負責任的告訴你，沒有這會事。

扣繳義務人未將扣繳的稅款入庫，而納稅人還可以退稅？這樣的操作顯然是不可能發生的，只能說有些人把稅務局的退稅審核流程想的太簡單了。

先說說稅務局的退稅審核流程。

第一步，人審。

納稅人想要申請退稅，必須先由稅務大廳人員進行受理審核，主要審核退稅所需要的資料是否齊全，而退稅所需要的一個重要的資料就是完稅憑證的原件或者復印件，如果沒有這個，稅務大廳是不會受理你的退稅的。而這扣繳義務人若沒有將扣繳的稅款入庫，肯定是沒有完稅憑證的。這第一步就將你擋在退稅的流程外了，怎么可能不影響納稅人退稅？

第二步，機審。

如果你退稅的資料都準備齊全了，經第一步審核沒有問題，那么下一步就是在稅務局的金三系統走退稅流程了。在這就能體現金三系統的強大了，金三系統會監控扣繳義務人的繳稅記錄，會自動對繳稅額和申請退稅額進行比對，系統會自動計算出可退稅余額，如果扣繳義務人沒有將稅款入庫，那么可退稅余額就是零，就沒法走下一步了，但退稅流程必須通過金三系統才能走完。這也是通過金三系統對稅務干部的監督，以防一些稅務干部里的蛀蟲利用職權亂退稅，以權謀私，所以，未入庫的稅款是根本走不了退稅流程的。

第三步，終審。

前兩步驟都是稅務局在完成，而這第三步的終審并不是稅務局在操作，而是人民銀行的金庫管理部門在審核。

一些對財稅工作不太了解的人可能一直都以為，納稅人去稅務局交稅，都以為把錢交到稅務局的賬戶上去了，其實稅務局是沒有專門的收稅賬戶的，納稅人交的稅款直接就劃轉到當地人民銀行的國庫去了。所以，一旦發生退稅，都是稅務局審核完畢后再資料遞交的人民銀行的國庫再審核的，只有人民銀行國庫同意退稅，這錢才能退到納稅人的賬戶上去。

看到這兒，想必你也大概了解了退稅審核是多么的嚴格，你問題中提到的事情根本不可能發生。

　　您應在發生扣繳義務之日起10內，設置代扣代繳稅款賬簿。　　《中華人民共和國稅收征收管理法實施細則》第二十五條規定：扣繳義務人應當自稅收法律、行政法規規定的扣繳義務發生之日起10日內，按照所代扣、代收的稅種，分別設置代扣代繳、代收代繳稅款賬簿。　　

你所提問的的問題指個人所得稅來說，扣繳義務人是納稅人指定單位代扣代繳應繳納的稅額給稅務機關，而自行申報是納稅人的工資，薪金所得自己全部收入自行到稅務機關申報，

根據《個人所得稅代扣代繳暫行辦法》第四條規定：扣繳義務人向個人支付下列所得，應代扣代繳個人所得稅：（一）工資、薪金所得；（二）對企事業單位的承包經營、承租經營所得；（三）勞務報酬所得；（四）稿酬所得；（五）特許權使用費所得；（六）利息、股息、紅利所得；（七）財產租賃所得；（八）財產轉讓所得；（九）偶然所得；（十）經國務院財政部門確定征稅的其他所得。第五條扣繳義務人向個人支付應納稅所得（包括現金、實物和有價證券）時，不論納稅人是否屬于本單位人員，均應代扣代繳其應納的個人所得稅稅款。前款所說支付，包括現金支付、匯撥支付、轉帳支付和以有價證券、實物以及其他形式的支付。