依我之見：受害方‘’鑒定程序違法‘’導致保險公司不認可。

為什么這么說呢？

‘’交通事故‘’，根據我國法律法規規定交通事故的法定處理機關是公安機關，如果構成犯罪參與處理的還有人民檢察院和法院。

交通事故(人員傷亡丶車輛嚴重受損)發生后法律規定應當由公安交警管理部門對事故進行調查和責任確認。如果經交警部門確認事故主要或全部責任在機動車駕駛人，而受害人的傷害程度經司法鑒定為‘’重傷‘’，且符合最高人民法院關于辦理交通肇事犯罪案件司法解釋的有規定：死亡或重傷一人，負主要責任或全責，構成交通肇事罪。而受害人的傷情‘’重傷‘’就是犯罪的重要要件，法律規定是由辦案機關‘’指定或委托‘’有資質的鑒定機構和鑒定人員進行鑒定，并且從刑事案件管轄角度看，交通肇事案是刑事公訴案件，案件中的專門問題(如鑒定)依法也只能由公安丶檢察丶法院主持之下負責辦理，當事人(受害人)憑什么要‘’任性‘’地自己去找司法局的鑒定機構鑒定？這樣的鑒定交警部門不會認可，肇事司機不會認可，檢察院和法院也不會認可，保險公司當然也就不會認可了。

退一步，該交通事故受害人所受之傷是‘’輕傷‘’或‘’輕微傷‘’，即不構成交通肇事罪。這樣的傷情鑒定結論依法也只能由辦案機關，即公安交警部門在辦案過程‘’指定或委托‘’有關鑒定機構或鑒定人員鑒定的結果，依法也不能由當事人一方自行找人或機構去鑒定，當事人一方私自鑒定既違法，干擾了辦案機關的辦案，又對另一方當事人(司機)也不公平，作為因肇事車輛購買了交強險的保險公司要多掏錢來賠付，他(保險公司)能愿意嗎？

怎么辦？請求辦理該案件的公安交警部門全權辦理受害人傷情鑒定事宜才是唯一正確的做法。

以上意完僅供參考，不當之處請見諒。

　　如果是法院委托進行的司法鑒定，而保險公司沒有證據可以證明鑒定結果可能錯誤的，法院會以該司法鑒定結果為準進行判決。

只能申請法院委托重新鑒定。具體操作如下：

由法院技術室提供鑒定機構目錄，雙方抽簽選定共同的一家鑒定機構。由該鑒定機構進行重新鑒定。鑒定后的結論，直接作為認定案件事實的依據。

因此，為避免出現單反委托鑒定，對方不認可，而白白支付鑒定費，一般是在起訴后，才開始申請法院委托鑒定。

既然是由法院指定的鑒定機構，那應該你的糾紛已經在法院訴訟期間（因為如果沒有訴訟，法院不付給你指定鑒定機構），鑒定機構作出鑒定結論后，如果當事人對鑒定機構有異議，應當提出具體的依據，并要求重新鑒定，法院審查后認為確實存在問題的，可以重新指定其他鑒定機構進行鑒定。

回到你這個問題上來，保險公司對鑒定結論有異議，應當提出具體的理由，并可申請重新鑒定。如果理由不成交，法院可以采信鑒定結論，將此作為定案依據。